El origen del Comando de Vigilancia Costera se remonta al año 1948, cuando el Ministerio de Hacienda le asigna doce (12) lanchas Fiscales construidas de madera al resguardo marítimo de las Fuerzas Armadas de Cooperación.A mediados del año de 1954 realmente en este periodo el Comando de Vigilancia, tiene su origen formal pues se crea el Negociado Fiscales cual tenia por objeto el control administrativo de los equipos y medios navales asignados a la Guardia Nacional de Venezuela, posteriormente en el año de 1958, se transformo en Negociado Naval cumpliendo las mismas funciones y dependiendo del presupuesto de la cuarta sección del Estado Mayor General de las Fuerzas Armadas de Cooperación, cuyas funciones se limitaban al control administrativo de los equipos y medios navales que tenían para ese entonces, el cual consistía en lanchas patrulleras tipo “A”, de fabricación Francesa dependiendo del Ministerio de Hacienda.
El 29 de marzo de 1.979, mediante resuelto Nro. EM-DPG-1647, con la nueva Macro Estructura de la Fuerza, se transformó en Dirección de Apoyo Naval, adscrito al Comando de Operaciones de la Fuerza, donde la responsabilidad operativa de los medios navales correspondió a los Comandos Regionales y la responsabilidad técnica y administrativa estaba a cargo exclusivo de la dirección antes mencionada, lo que origina una dualidad de dependencia entre las misiones asignadas y el mantenimiento que requerían los equipos. Para solventar los problemas de esa doble dependencia y unificar recursos en una sola organización, el 16 de Febrero de 1981, mediante resuelto nro. EM-DPL-DD951, se decidió la creación del Comando FAC de Vigilancia Costera, como gran unidad operativa , solidamente estructurada acorde con la misión y funciones institucionales que le corresponde cumplir en el escenario acuático continental y marítimo bajo jurisdicción de la Republica Bolivariana de Venezuela.
En el año de 1985, se denomina Comando de Vigilancia Costera de las Fuerzas Armadas de Cooperación con sede en las Colinas de las Acacias, Distrito Capital, antigua sede de la Televisora canal 5, actual sede del Comando Antidrogas de la Guardia Nacional de Venezuela, y en el año de 1997 fue mudado a la Guaira Estado Vargas.
En el año 2001 por necesidades del servicio el Comando se muda de sede a Porlamar Estado Nueva Esparta (Isla de Margarita) asumiendo un rol protagónico al ser el Comando de la Guarnición Militar y a su vez teatro de operaciones sociales nro 18 denominación asignada por el CUFAN.
En la actualidad el Comando de Vigilancia Costera, cuenta con seis (06) Destacamentos de Vigilancia Costera que cubren todas las costas de la Republica, y con cuatro (04) Destacamento de Vigilancia Fluvial, un (01) Centro de Mantenimiento naval, un (01) Centro de Adiestramiento Naval y un (01) Servicio Autónomo de Mantenimiento naval .