Las Capitanías de Puerto se constituyen como órganos ejecutores del Instituto Nacional de los Espacios Acuáticos (INEA), quien ejerce la Autoridad y la Administración en todo el ámbito acuático nacional. Para el cumplimiento de sus objetivos, cada Capitanía de Puerto cuenta en su estructura organizativa interna y con igual rango administrativo, con las siguientes Áreas (Operaciones, Seguridad Integral, Documentación, Administración y Registro Naval Venezolano), Destacamentos (Bomberos Marinos, Policía Marítima, Agentes de Tráfico y Transporte Acuático) y Delegaciones. La autoridad civil que manda en cada Capitanía, se llama Capitán de Puerto y es designado por el INEA. Son un total de dieciocho (18) a nivel nacional; a saber:
- Capitanía de Puerto de La Ceiba
- Capitanía de Puerto de Maracaibo
- Capitanía de Puerto de Las Piedras
- Capitanía de Puerto de La Vela
- Capitanía de Puerto de Puerto Cabello
- Capitanía de Puerto de La Guaira
- Capitanía de Puerto de Carenero
- Capitanía de Puerto de Puerto La Cruz
- Capitanía de Puerto de Pampatar
- Capitanía de Puerto de Puerto Sucre
- Capitanía de Puerto de Carúpano
- Capitanía de Puerto de Güiria
- Capitanía de Puerto de Caripito
- Capitanía de Puerto de Cdad. Guayana
- Capitanía de Puerto de Cdad. Bolívar
- Capitanía de Puerto de Amazonas
- Capitanía de Puerto de Delta Amacuro
- Capitanía de Puerto de San Fernando de Apure